Die ursprüngliche Version des Lizenzabkommens war missverständlich formuliert: Es hörte sich so an, als dürften Autoren ihre mit iBooks Author erstellten Werke nur dann über andere Portale als den iBookstore vertreiben, wenn sie dies kostenlos tun. Wenn sie ihr Werk aber verkaufen wollen, ist ihnen das nur über den iBookstore erlaubt. Da sich das so anhörte, als müssten Autoren zumindest für den Online-Vertrieb praktisch ihre Urheberrechte an Apple abtreten, sorgte das Lizenzabkommen für viel Aufregung. Unter anderem machte sich sogar Microsoft über Apples rigorose Bestimmungen lustig.

Das modifizierte Lizenzabkommen soll offenbar klarstellen, dass Apple das gar nicht so meinte: Zwar dürfen Autoren, die ihre Werke gegen Entgelt vertreiben möchten, die über iBooks Autor selbst erstellten “.ibooks”-Dateien tatsächlich nur über den iBookstore verkaufen. Allerdings steht es ihnen frei, die Werke in einem anderen Format über andere Portale anzubieten. Die Urheberrechte verbleiben also beim Autor.