Mit dem Geld, das der Commodore-Deal einbrachte, gründete Molyneux mit Edgar zusammen Bullfrog Productions und widmete sich wieder der Entwicklung von Spielen. 1989 erschien das erste Werk der Firma: Populous, ein Echtzeit-Strategiespiel, dass den Spieler in die Rolle eines Gottes versetzt, der durch indirekte Einwirkung auf sein Volk dieses vergrößert und verstärkt, damit es schließlich im Kampf gegen das Volk eines anderen Gottes bestehen und siegen kann. Dazu kann der Spieler das Terrain verändern und die Gesinnung seines Volkes einstellen (pazifistisch oder agressiv). Durch Populous gilt Molyneux als Erfinder der Göttersimulationen, die zu einem kleinen Untergenre im Strategiebereich geworden sind. Die verformbare Umgebung soll er sogar angeblich nur deshalb eingebaut haben, weil er zu faul gewesen sei, die ganzen Karten des Spiels selbst zu bauen. Ob das der Wahrheit entspricht oder nur ein kleiner Gag von ihm war, sei mal dahingestellt. Fest steht: Der Titel war sehr erfolgreich (über 4 Millionen verkaufte Exemplare) und erhielt mehrere Auszeichnungen, weshalb auch schon bald zwei Add-Ons, ein Map-Editor und 1991 ein Nachfolger erschienen sind.

1990 erschien mit Powermonger ein weiteres Strategiespiel, das sogar damals schon eine dreidimensionale Karte zu bieten hatte, die man um 90 Grad drehen konnte. Der Riesen-Erfolg blieb allerdings aus. Anders verlief es da 1993 mit Syndicate. Auch hierbei handelt es sich um ein Strategiespiel, in dem man einen Konzern vertritt, der mit anderen Firmen in einer düsteren Cyberpunk-Welt um die Weltherrschaft konkurriert. Innerhalb der Missionen steuert man bis zu vier Agenten, mit denen man die verschiedensten Ziele erfüllen muss, wie zum Beispiel das Eliminieren feindlicher Agenten, das Eskortieren von Zielpersonen oder die Beschaffung bestimmter Gegenstände. Außerhalb der Missionen verbringt man seine Zeit auf einer Weltkarte. Dabei kann man für durch erfüllte Missionen erworbenes Schutzgeld neue Waffen und Upgrades für seine Agenten kaufen. So gibt es unter anderem einen Überzeugungsstrahler, um NPC’s zu manipulieren. Außerdem kann man seine Agenten mehr und mehr zu Cyborgs formen. Syndicate erhielt zwar viel Lob, musste jedoch auch aufgrund der Gewaltdarstellung einiges an Kritik einstecken.

In den Jahren darauf kamen noch ein paar weitere Spiele unter der Leitung von Molyneux heraus. Zum einen hätten wir da Theme Park (1994), eine Wirtschaftssimulation, in der man seinen eigenen Vergnügungspark aufbaut. Spiel Nummer 2 ist Magic Carpet (ebenfalls 1994), ein Actionspiel, in dem man mit einem fliegenden Teppich unterwegs ist und Mana aufsammeln muss, um Drachen, andere Monster und Teppichflieger zu bekämpfen. Grafisch war der Titel damals herausragend, weil es in Echtzeit ein stereoskopisches 3D-Bild darstellt, dass eine räumliche Tiefenwirkung beim Spieler erzeugt. Wirklich in Erinnerung geblieben ist er aber heute wahrscheinlich nur den wenigsten Spielern. Das Gleiche gilt wohl auch für Hi-Octane, ein Rennspiel mit Hovercrafts, dass 1995 erschienen ist. Durch den nahezug zeitgleichen Release von WipeOut konnte sich Hi-Octane kaum auf dem Markt durchsetzen, da es mit dem Konkurrenten von Sony einfach nicht mithalten konnte.